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La cripta di Santa Marina è collocata sotto l’omonima cappella, la cui struttura originaria risale al XIV secolo. La cripta è costituita da tre ambienti: un vano più ampio, collegato con l’esterno da una scalinata di recente costruzione, un dromos che immette in un piccolo ambiente di forma trapezoidale e un altro ambiente (probabilmente l’abside) di forma semicircolare, adibito fino agli ultimi restauri – risalenti agli anni 90 del secolo scorso – ad ossario dell’adiacente cimitero. Il piano di calpestio è in cementizio (realizzato nel corso degli ultimi lavori di restauro, sostituendo l’originale in sterrato); il soffitto si presenta leggermente arcuato nella direzione dell’invaso originale. In tutti gli ambienti sono presenti il gradino-sedile e diverse nicchie.
Secondo la dott.ssa Manuela De Giorgi, che ha approfondito lo studio sulla “Dormitio Virginis” di Miggiano, l’ipogeo avrebbe avuto la funzione principale – almeno nella fase di XI secolo – di cappella funeraria. Questa ipotesi – come sottolinea la stessa studiosa – potrebbe essere avvalorata dall’effettuazione di piccoli saggi di scavo all’interno del piccolo ambiente trapezoidale, che con molta probabilità porterebbero alla luce delle tombe.
Nell’ambiente adsidato sono presenti due reperti di dubbia interpretazione: si tratta di un tronco di colonna con un incavo a sezione quadrangolare sulla superficie superiore ed una presunta base di altare.
